もちろん、鉢植えでも栽培ができます。
つる（シュート）が長く伸びる品種ですので、剪定で鉢植えでもコンパクトに仕立てることが可能です。花が終わってから、樹高５０cmくらいで切ります。その後、伸びてきた枝は葉が７枚くらいになったら枝先を切り戻します。その繰り返しで枝が分枝したら枝数も増えていき、こっつりとしたいい樹形になります。

一般的にはアーチの両側に１株ずつ
アーチにつるバラを誘引していく場合はアーチの両側の下に1株ずつが一般的です。1株でも十分茂ります。2株植えは確かにゴージャスになりますが、管理のことを考えるとやはり１株ずつが無難です。

基本的にどっちでもOK！
アーチの外に植えても、内側に植えてもどちらでも大丈夫です。ただし、外側に植えたほうがアーチに誘引しやすく、風通しも良いですので植える場所がないなどの理由がない場合は、外側をおすすめします。

ダメです！肥料や剪定のやり方が違います。
モッコウバラの剪定は7月ごろまでに行い、古いシュートを残し新しい勢いのあるシュートを切ります。勢いが衰えると小枝が出てきて花芽がつきやすくなります。誘引も7月ごろに行います。遅れると夏についた花芽を何かのはずみで落としてしまうことも。肥料は控えるか少なくします。肥料が多いと枝や葉ばかり茂り花芽が遅れます。

肥料と剪定を控えてください。
苗の大きさにもよりますが、モッコウバラは年数を経て成熟しないと花が上がってこないことがあります。樹勢を早く落ち着かせるために剪定も肥料も控えめにします。よく茂るようなら、この質問の上に書いてある育て方を参考にして剪定をしてください。花芽は夏に作ってきます。
▶　詳しいモッコウバラの剪定方法

もちろん育ちます。但し注意が必要です。
屋上やベランダは、夏は高温になり空気がこもりやすかったりします。植え付ける鉢はなるべく通気性がよい素焼き鉢などを選んでください。鉢に直射日光があたると、夏は鉢の土が高温になるので、鉢カバーをしたり、何かで覆うなどをして鉢を遮光します。水やりも夏は朝と夕方の涼しい時間帯に土が乾いていたら与えるようにします。

こまめに少量が基本
鉢植えの場合は春の彼岸ごろから秋の彼岸ごろまで、発酵油粕や固形の肥料を置き肥したり、液体肥料を与えます。1度にたくさん与えるのではなく、株の調子を見ながら回数を多く与えるようにします。

地域によります
冬でも土が凍らない暖地なら真冬の植え付けでも大丈夫です。土が凍る恐れのある地域は春に植えたほうが安心です。根が定着した苗は冬の寒さにも強いのですが、苗木はまだ根が小さく浅いので、冬の植え付けで土が凍ると根が傷む恐れがあります。

一度素焼き鉢などに植え替えると安心
植え替えなくても、ポットのままで春ごろまで管理できます。落葉しているので日当たりが悪くても大丈夫ですが、置き場所は無加温の寒さをしのげる場所で。土が乾いたら水を与えるようにしてください。ポットは熱伝導性が高く土が凍りやすかったり、通気性が悪く土が乾きにくく根腐れしやすいため、素焼き鉢への植替えをおすすめしています。

養分が不足しているのかも
鉢植えで生育の悪いのは、たぶん栄養不足だと思います。根からの養分吸収が悪くなると、シュートの発生が悪くなります。四季咲きの品種は春から秋まで休みなく枝葉を伸ばしながら、花を咲かせます。この期間は光合成による養分の蓄積はほとんどなく、消費ばかりします。従って、肥料をよく欲しがり、根からの肥料分の吸収で株を維持します。肥料は適正に与えていただいておりますか？寒肥とお礼肥、追肥を適正に与え、花を咲かせないようにして、まずは、株の体力の回復をさせて、シュートの発生後に、花を咲かせ始めます。

しなくても花を咲かせてくれますが・・・
剪定しなくてもバラ栽培を楽しむことはもちろんできます。でも、野生のバラのように自由奔放に生長してしまい、思わぬところに花が咲いてしまったりアンバランスな見栄えになってしまいます。剪定することで株がリフレッシュし、切った高さで花をたくさん楽しめますよ！

咲き柄は必ず放置しないでつみ取ります
花を放置すると樹勢が落ち花つきが悪くなります。切る最適な位置はありますが、それほど神経質になる必要はありません。放置せずに必ずつみ取って下さい。ただし、ローズヒップをとる場合は残しておきます。
▶　詳しい花摘み・摘蕾・切り戻し剪定方法

良い芽の5～10ミリ上を芽の方向に斜めに
丸くふっくらした良い芽の5～10ミリ上から芽の方向に斜めに切ります。枝が多ければ花が多く枝が少なければ花は少なくなるので、樹の大きさで判断し、どれ位切るかを決める必要があります。ハイブリットティー以外は「こうしなければいけない」というルールはありません。気楽にかまえて行って下さい。

内側に向いている芽は切ります
バラには木の外側に向いている「外芽」と内側に向いている「内芽」があります。外芽(外側に伸びる枝)を活かし、内芽(内側に伸びる枝)は切るようにします。こうすることにより、内側の枝の密集を防ぎ、光合成がスムーズになります。

枝の更新が目的です
冬の剪定は古くなった枝を切り、新しい枝を出させて株を若返らせるための作業です。怠れば株は年々老化し、花も少なくなってしまいます。基本的な作業内容は枯れた枝や細い枝などのいらない枝を取り除き、昨年花を咲かせた枝や昨年伸びた枝(シュート)を適切な位置で切ります。
▶　詳しい冬剪定の方法
▶　詳しいつるバラの誘引と冬剪定

樹形を整え秋バラを促進
夏の剪定は春から伸びて高くなった枝を切り、樹形を整えて新しい枝から花を咲かせるために行ないます。剪定しないで放置すると、高いところに貧弱な花をつけてしまいます。弱剪定が良いでしょう。
▶　詳しい夏剪定の方法

20～30センチ伸びたら、枝を切る
春から秋にかけて株元や枝の途中からベーサルシュートと呼ばれる太い枝が伸びてきます。これから何年も花を咲かせる大切な枝となります。ベーサルシュートは20～30センチ伸びたら枝を切り、また伸びたら枝を切るを繰り返し冬にシュートをつなげていきます。ただし、クライマー、フロリバンダ、イングリッシュローズの場合は切らないでそのまま伸ばして下さい。